删除目录和删除文件有些类似：用户既希望在当前工作目录中删除一个目录，同时又希望该目录在老版本中依然存在。
删除目录的方法就是删除目录下的所有文件。用户不能直接删除目录本身，目前CVS中也没有方法可以办到这一点。可以在cvs update或cvs checkout命令中使用-P选项来让CVS删除工作目录中的空目录(注意cvs export命令总是删除空目录的)。可能最好的办法就是每次在上面的命令中指定-P-P选项。如果用户希望在工作目录中保留一个空目录，将不得不在该目录中随便放一个文件(例如放一个.keepme)文件来防止它被带-P的命令删掉。
注意：checkout命令的-r和-D选项隐含了-P选项。这使CVS可以正确地创建目录，或者不考虑在该目录中是否有用户检出的某个版本的文件。